دینامیک مولکولی در حقیقت یک آزمایشگاه کامپیوتری می‌باشد که می‌توان از آن برای پیش‌بینی نتایج در شرایط سخت دما، فشار و … استفاده کرد. مراحل مختلف دینامیک مولکولی اهمیت خاص خود را دارد و در این درس‌نامه سعی شده است که مراحل شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در نرم‌افزار material studio برای یک سامانه آب+متانول و آب+نرمال هگزان توضیح داده شود. مباحثی که در این درس‌نامه آورده شده است عبارت است از:
- مراحل چهارگانه در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی شامل فاز آغاز (initialization)، فاز تعادل (equilibrium)، فاز تولید (production) و آنالیز (Analysis)
- توانایی‌های مختلف و متنوع نرم‌افزار
- نحوه ترسیم ساختار مولکولی در نرم‌افزار material studio و تنظیمات مختلف مربوط به شماتیک مولکول در قسمت Display style
- نحوه اندازه‌گیری فاصله پیوند، زاویه پیوند و زاویه دو وجهی (مثلاً در مولکول متانول)
- معرفی ابزار forcite در نرم‌افزار برای محاسبات دینامیک مولکولی
- نحوه بهینه‌سازی ساختار هندسی مولکولی جهت به دست آوردن ساختار پایدار و بهینه مولکول
- ساخت جعبه (cell) از مولکولهای بهینه‌شده توسط ابزار amorphous calculation و amorphous construction
- نحوه ساخت انواع سل‌های مکعب مربع (cubic)، اورتورومبیک (orthorhombic) و تتراگونال (tetragonal)
- نحوه محاسبه طول سل
- اهمیت دانسیته اولیه در ساخت سل
- بهینه‌سازی سل ساخته شده و تنظیم پارامترهای مربوط به آن
- نحوه اعمال هنگرد (ensemble) پیش NVT (مرحله تعادل)، اهمیت سرعت اولیه و ترموستات دمایی (velocity scale)، ارتباط بین دما و سرعت، الگوریتم تعادل دمایی، مقادیر انرژی کل، انرژی جنبشی، انرژی پتانسیل، انرژی بین مولکولی و انرژی درون مولکولی، نحوه نمونه بردای از ساختارهای شبیه‌سازی شده (frame)، نمایش فریم ها جهت مشاهده حرکات مولکول‌ها و مسیر آن‌ها
- نحوه اعمال هنگرد NVT اصلی (مرحله تعادل)، ترموستات برندسن (Brendsen)
- نحوه اعمال هنگرد NPT جهت تنظیم دما و فشار سامانه، الگوریتم تنظیم فشار، بارواستات آندرسون (Andeson)، مشاهده تغییر دانسیته، ابعاد سل
- نحوه اعمال NVT نهایی (مرحله تولید)، ترموستات نوز-هاور (NHL)
- نحوه متوقف کردن شبیه‌سازی در صورت اشتباه بودن تنظیمات
- نحوه آنالیز کردن نتایج حاصل از شبیه‌سازی
- تعریف و نحوه محاسبه تابع توزیع شعاعی (radial distribution function)
- نحوه تعریف set برای آنالیز، نحوه ترسیم تابع توزیع شعاعی، کپی کردن داده درون متلب (MATLAB)، نحوه ترسیم دانسیته محلی
- نحوه ترسیم پروفایل غلظت، نحوه ترسیم میانگین مربعات جابجایی و محاسبه ضریب نفوذ از آن، نحوه ترسیم پروفایل سرعت
هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.