ترسیم ساختار مولکولی یکی از مراحل مهم شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و فندانسیون آن محسوب می‌شود (چون گذارد خشت اول بر زمین معمار کج/گر رساند بر فلک، باشد همان دیوار کج). ازاین‌رو در این درس‌نامه سعی شده است که انواع ساختارهای مولکولی جهت آشنایی کاربر آورده شده است. علاوه بر این نحوه ایجاد ساختارهای بسیار پیچیده نظیر پلیمرها، کریستال‌ها، سطوح و … آورده شده است. مواردی که در این درس‌نامه آورده شده است عبارت‌اند از:
۱-نحوه ترسیم ساختارهای مولکولی از ساده تا بسیار پیچیده (متان، بنزن، پیریدین)
۲-نحوه ایجاد یک قطعه (fragment) جدید و ذخیره آن
۳-ترسیم ساختار گرافن
۴-ترسیم ساختار گرافن اکسید (GO)
۵-نحوه ترسیم ساختار مولکولی با استفاده از نرم‌افزار ChemDraw، ذخیره آن و وارد کردن آن به نرم‌افزار Material Studio
۶-نحوه ترسیم ساختار پورفیرین
۷-نحوه ترسیم ساختار آلفا، بتا و گاما سیکلودکسترین
۸-نحوه ترسیم فلورن ها (C60)
۹-نحوه ترسیم کمپلکس های معدنی و …
۱۰-نحوه پیدا کردن تقارن مولکول
۱۱-نحوه ترسیم پلیمرها (هموپلیمر، بلاک کوپلیمر، کوپلیمر تصادفی و دندریمر)
۱۲-نحوه ساخت کریستال‌ها با استفاده از ابزار supercell و crystal build (مثلاً کریستال اوره)
۱۳-نحوه جدا کردن یک سطح خاصی از کریستال با استفاده از ابزار Cleave surface و تکثیر آن
۱۴-نحوه ذخیره‌سازی شکل مورد نظر جهت استفاده در ورد، پاورپوینت و …
۱۵-نحوه دانلود کردن فایل پروتئین از سایت و وارد کردن (import)
۱۶-نحوه ساخت لایه (layer) جهت مطالعه برهمکنش بین سطوح
۱۷-نحوه انتقال یک مولکول به مکان خاصی از یک شبکه کریستالی
۱۸-ایجاد یک نانولوله که درون و بیرون آن مولکول‌های متفاوتی وجود دارد
پیش نمایش ۱: ۱۰ دقیقه
پیش نمایش ۲: ۱۰ دقیقه
