دینامیک مولکولی در حقیقت یک آزمایشگاه کامپیوتری می‌باشد که می‌توان از آن برای پیش‌بینی نتایج در شرایط سخت دما، فشار و … استفاده کرد. مراحل مختلف دینامیک مولکولی اهمیت خاص خود را دارد و در این درس‌نامه سعی شده است که مراحل شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در نرم‌افزار material studio برای یک سامانه خالص آب توضیح داده شود. مباحثی که در این درس‌نامه آورده شده است عبارت است از:
۱-مراحل چهارگانه در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی شامل فاز آغاز (initialization)، فاز تعادل (equilibrium)، فاز تولید (production) و آنالیز (Analysis)
۲-توانایی‌های مختلف و متنوع نرم‌افزار
۳-نحوه ترسیم ساختار مولکولی در نرم‌افزار material studio و تنظیمات مختلف مربوط به شماتیک مولکول در قسمت Display style
۴-نحوه اندازه‌گیری فاصله پیوند، زاویه پیوند و زاویه دو وجهی (مثلاً در مولکول متانول)
۵-نحوه تعیین مرکز جرم هندسی مولکولی، بهترین خط و صفحه‌ای که فاصله آن از اتم¬ها حداقل می‌باشد و محورهای اصلی مولکول
۶-معرفی ابزار forcite در نرم‌افزار برای محاسبات دینامیک مولکولی
۷-نحوه بهینه‌سازی ساختار هندسی مولکولی جهت به دست آوردن ساختار پایدار و بهینه مولکول
۸-ساخت جعبه (cell) از مولکول¬های بهینه‌شده توسط ابزار amorphous calculation و amorphous construction
۹-نحوه ساخت انواع سل‌های مکعب مربع (cubic)، اورتورومبیک (orthorhombic) و تتراگونال (tetragonal)
۱۰-نحوه محاسبه طول سل
۱۱-اهمیت دانسیته اولیه در ساخت سل
۱۲-بهینه‌سازی سل ساخته شده و تنظیم پارامترهای مربوط به آن
۱۳-نحوه اعمال هنگرد (ensemble) پیش NVT (مرحله تعادل)، اهمیت سرعت اولیه و ترموستات دمایی (velocity scale)، ارتباط بین دما و سرعت، الگوریتم تعادل دمایی، مقادیر انرژی کل، انرژی جنبشی، انرژی پتانسیل، انرژی بین مولکولی و انرژی درون مولکولی، نحوه نمونه بردای از ساختارهای شبیه‌سازی شده (frame)، نمایش فریم ها جهت مشاهده حرکات مولکول‌ها و مسیر آن‌ها
۱۴-نحوه اعمال هنگرد NVT اصلی (مرحله تعادل)، ترموستات برندسن (Brendsen)
۱۵-نحوه اعمال هنگرد NPT جهت تنظیم دما و فشار سامانه، الگوریتم تنظیم فشار، بارواستات آندرسون (Andeson)، مشاهده تغییر دانسیته، ابعاد سل
۱۶-نحوه اعمال NVT نهایی (مرحله تولید)، ترموستات نوز-هاور (NHL)
۱۷-نحوه متوقف کردن شبیه‌سازی در صورت اشتباه بودن تنظیمات
۱۸-نحوه آنالیز کردن نتایج حاصل از شبیه‌سازی
۱۹-تعریف و نحوه محاسبه تابع توزیع شعاعی (radial distribution function)، دانسیته محلی، دانسیته کل، نمودار تابع توزیع شعاعی در گازها (بخار آب)، مایعات (آب) و جامدات (یخ)، نحوه محاسبه عدد کئوردیناسیون از تابع توزیع شعاعی
۲۰-نحوه تعریف set برای آنالیز، نحوه ترسیم تابع توزیع شعاعی، کپی کردن داده درون اکسل و متلب (MATLAB)، نحوه ترسیم دانسیته محلی
۲۱-نحوه ترسیم پروفایل غلظت، نحوه ترسیم میانگین مربعات جابجایی و محاسبه ضریب نفوذ از آن، نحوه ترسیم پروفایل سرعت
پیش نمایش ۱: ۱۰ دقیقه
پیش نمایش ۲: ۱۰ دقیقه
پیش نمایش ۳: ۱۰ دقیقه
پیش نمایش ۴: ۱۰ دقیقه
